Agenția are următoarele atribuții principale: privind instituirea sistemului de certificate de import și de export pentru produse agricole; ș) realizează și întreține sistemul de identificare a parcelelor agricole. ț) îndeplinește, în condițiile legii, atribuții privind gestionarea cotei de lapte și atribuții privind aplicarea dispozițiilor legale privind taxele adiționale individuale, controlul vânzărilor directe și livrărilor către procesatori, precum și colectarea contribuției la taxa datorată rezultată din depășirea cotei individuale de livrări și vânzări directe a producătorilor.

a) asigură derularea operațiunilor financiare legate de gestionarea fondurilor alocate;

b) asigură verificarea cererilor de plată primite de la beneficiari;

c) autorizează plata către beneficiari în urma verificării cererilor de plată sau îi înștiințează pe aceștia cu privire la eventualele nereguli sesizate, în vederea soluționării acestora;

d) execută plățile autorizate către beneficiari;

e) ține contabilitatea plăților efectuate;

f) urmărește încadrarea în fondurile alocate pentru activitățile prevăzute la art. 2;

g) asigură îndeplinirea cerințelor cu privire la informarea publică privind activitățile desfășurate;

h) asigură desfășurarea în bune condiții a activităților economice, administrative, contabile, de personal și audit ale Agenției;

i) colaborează pentru îndeplinirea atribuțiilor specifice cu organele administrației publice centrale și locale;

j) pregătește și implementează prevederile privind mecanismele comerciale;

k) eliberează certificate de import și de export pentru produse agricole începând cu data intrării în vigoare a Legii nr. 300/2005

l) elaborează și implementează procedurile privind aplicarea sistemului de intervenție pentru produsele agricole.

m) este autoritatea publică responsabilă cu implementarea Sistemului Integrat de Administrare și Control;

n) asigură managementul cotelor de producție de zahăr și izoglucoză și gestionează contribuțiile aferente acestor cote;

o) elaborează manuale de proceduri și metodologii în vederea implementării corespunzătoare a atribuțiilor care îi revin;

p) implementează și administrează restituțiile la export și sistemul de garanții aferente restituțiilor;

r) furnizează toate informațiile solicitate de Organismul coordonator al agențiilor de plăți pentru agricultură, dezvoltare rurală și pescuit;

s) implementează sistemul de garanții pentru importul și exportul produselor agricole;

t) pregătește și implementează prevederile legale privind stocurile excedentare de zahăr, produse zaharoase și alte produse agroalimentare, precum și cele referitoare la garanțiile de eliminare de pe piață a cantităților excedentare de zahăr.

u) fundamentează și emite decizii de recuperare financiară pe baza verificărilor efectuate în cadrul controlului operațiunilor care fac parte din sistemul de finanțare prin Fondul European de Garantare Agricolă și notifică rezultatul final Ministerului Agriculturii și Dezvoltării Rurale și Comisiei Europene.

v) dispune măsuri asigurătorii asupra patrimoniului debitorilor proprii, în conformitate cu actele normative care reglementează regimul juridic al creanțelor administrate de Agenție, precum și în conformitate cu prevederile Ordonanței Guvernului nr. 92/2003

privind Codul de procedură fiscală, republicată, cu modificările și completările ulterioare.