Funcționarea incubatorului de afaceri este guvernată de următoarele principii:
a) selectivitatea - administratorul incubatorului selectează proiectele apte să contribuie la dezvoltarea locală sau regională, prin dezvoltarea de afaceri și locuri de muncă;
b) monitorizarea - proiectele selectate sunt monitorizate în mod sistematic și permanent, în scopul determinării modului adecvat de intervenție a administratorului incubatorului;
c) sinergia - reflectată în planurile de afaceri ale întreprinderilor, prin reunirea unei largi palete de servicii necesare derulării afacerilor oferite rezidenților incubatorului de afaceri;
d) complementaritatea - incubatorul de afaceri oferă servicii specializate unei anumite categorii de întreprinzători, acționând ca factor complementar față de organizațiile existente de sprijinire a dezvoltării întreprinderilor mici și mijlocii.