Agenția exercită următoarele funcții principale:
a) de autoritate de stat în domeniul calității și marketingului produselor de calitate;
b) de strategie, prin care asigură întocmirea și propunerea spre aprobare a strategiei pentru dezvoltarea sectorului produselor de calitate;
c) de reprezentare, prin care asigură, în numele Ministerului Agriculturii și Dezvoltării Rurale, reprezentarea pe plan intern și extern, în domeniul său de activitate și în limitele stabilite de acesta.