Patrimoniul Autorității se constituie prin preluarea patrimoniului Laboratorului Central Fitosanitar și a patrimoniilor direcțiilor pentru agricultură județene și a municipiului București aferente activității unităților fitosanitare, pe baza situațiilor financiare întocmite la data încetării activității, potrivit art. 28 alin. (1) din Legea contabilității nr. 82/1991 , republicată, cu modificările și completările ulterioare, și a protocolului de predare-preluare, încheiat în termen de 60 de zile de la data intrării în vigoare a hotărârilor Guvernului prevăzute la art. 3 alin. (1). Autoritatea va prelua de la fiecare direcție pentru agricultură județeană, inclusiv a municipiului București, câte un autovehicul, precum și o șalupă fluvială de la Direcția pentru Agricultură Tulcea.