(1) Organizarea și funcționarea Muzeului se desfășoară în conformitate cu regulamentul de organizare și funcționare, precum și cu regulamentul de ordine interioară, avizate de Comisia națională a muzeelor și colecțiilor și aprobate prin ordin al directorului general al Institutului Național pentru Studierea Holocaustului din România „Elie Wiesel“.
(2) În cadrul Muzeului funcționează Consiliul de administrație, Consiliul științific, comisii de evaluare și/sau comisii de achiziții de bunuri culturale, organizate potrivit prevederilor Legii muzeelor și a colecțiilor publice nr. 311/2003, republicată , precum și Consiliul de onoare.
(3) Reprezentantul Federației Comunităților Evreiești din România - Cultul Mozaic este membru de drept în Consiliul de administrație.
(4) În cazuri justificate, la reuniunile Consiliului științific și/sau ale comisiilor de achiziții de bunuri culturale pot participa și specialiști și experți internaționali.
(5) Cheltuielile ocazionate de punerea în aplicare a prevederilor alin. (4) se suportă din bugetul aprobat Muzeului.