(1) În cadrul Agenției se constituie fișierul navelor și ambarcațiunilor de pescuit comercial, document cu caracter administrativ, în care se menționează toți parametrii tehnici ai navelor și ambarcațiunilor de pescuit, necesari stabilirii efortului de pescuit exercitat de flotă.
(2) Prin ordin al ministrului agriculturii și dezvoltării rurale se stabilește modul de operare și de funcționare a fișierului navelor și ambarcațiunilor de pescuit comercial. Documentația de fundamentare a ordinului se elaborează de către Agenție împreună cu Autoritatea Navală Română.
(3) Înscrierea în fișierul navelor și ambarcațiunilor de pescuit comercial nu scutește proprietarul navei/ambarcațiunii de îndeplinirea obligației de înscriere în registrul comerțului sau în alte registre publice existente.
(4) Modul de gestionare a informațiilor cuprinse în fișierul navelor și ambarcațiunilor de pescuit comercial, intrările/ieșirile ambarcațiunilor, precum și orice alte operațiuni specifice prin care se creează evenimente se reglementează prin act administrativ intern emis de către conducătorul Agenției.