Agenția are următoarele atribuții:

a) administrează resursele acvatice vii din habitatele naturale ale României, cu excepția celor din Rezervația Biosferei „Delta Dunării“, care sunt administrate de Administrația Rezervației Biosferei „Delta Dunării“, în colaborare cu autoritățile administrației publice locale din Rezervația Biosferei „Delta Dunării“, până la liniile de bază, așa cum sunt definite în Legea nr. 17/1990 privind regimul juridic al apelor maritime interioare, al mării teritoriale, al zonei contigue și al zonei economice exclusive ale României, republicată, cu completările ulterioare;

b) exercită, în numele statului, prerogativele dreptului de proprietate asupra resurselor acvatice vii din habitatele acvatice naturale;

c) stabilește măsuri de conservare și refacere pentru speciile acvatice din habitatele acvatice naturale;

d) avizează, coordonează și verifică activitatea de populare/repopulare cu resurse acvatice vii a habitatelor acvatice naturale;

e) realizează investiții pentru infrastructura aferentă administrării resurselor acvatice vii, precum și alte tipuri de investiții specifice, inclusiv refacerea zonelor de reproducere naturală stabilite de autoritatea publică centrală responsabilă de sectorul pescăresc;

f) stabilește zone de protecție și zone de refacere biologică în habitatele acvatice naturale, în colaborare cu Ministerul Mediului, Apelor și Pădurilor, și monitorizează respectarea acestora și poate propune interzicerea pescuitului comercial în anumite zone, pe perioadă determinată, care se aprobă prin hotărâre a Guvernului;

g) avizează planurile de management ce privesc resursele acvatice vii sau habitatele acvatice naturale;

h) organizează și coordonează activitatea de inspecție și control în sectorul pescăresc, în conformitate cu reglementările europene;

i) elaborează reglementări privind funcționarea pieței produselor obținute din pescuit și asigurarea trasabilității produselor extrase din habitatele acvatice naturale;

j) organizează seminare, conferințe, dezbateri și consultanță în domeniul pescuitului, asigură și supraveghează pregătirea profesională de profil, prin colaborare cu instituțiile de învățământ sau alte organisme și instituții;

k) emite autorizații de pescuit comercial și permise de pescuit comercial, cu excepția celor din Rezervația Biosferei „Delta Dunării“, pentru care este responsabilă Administrația Rezervației Biosferei „Delta Dunării“, până la liniile de bază;

l) punerea în aplicare a politicii comune în domeniul pescuitului din România, prin colectarea, gestionarea și diseminarea datelor statistice, în conformitate cu activitățile prevăzute în programele de colectare a datelor și cu prevederile legislației Uniunii Europene, precum și prin monitorizare, inspecție și control;

m) propune proiecte de legislație secundară în domeniile specifice pescuitului;

n) desfășoară orice alte activități stabilite de autoritatea publică centrală responsabilă de sectorul pescăresc;

o) încheie contracte de utilizare a resursei acvatice vii în scopul practicării pescuitului recreativ;

p) sprijină și coordonează activitățile de cercetare-dezvoltare-inovare în domeniul pescuitului;

q) colaborează cu ministerele și organele de specialitate, cu autoritățile administrației publice locale și cu alte organisme interne și internaționale implicate în activitățile de pescuit;

r) administrează investițiile realizate de către Agenție în sectorul pescăresc cu fonduri naționale și/sau europene;

s) eliberează autorizații de pescuit în scop științific persoanelor juridice care au ca obiect de activitate cercetarea în domeniu, pentru efectuarea studiilor de evaluare a resurselor acvatice vii;

t) administrarea infrastructurii pescărești și Bursei de pește;

u) coordonarea activităților privind identificarea, colectarea și predarea deșeurilor, inclusiv echipamentelor de pescuit abandonate sau pierdute, din sectorul pescăresc;

v) monitorizarea, controlul și inspecția depozitării capturilor și distrugerii acestora.