Politica privind pescuitul în habitatele acvatice naturale se realizează de către Agenție prin:
a) măsuri de conservare a resurselor acvatice vii, prin reglementarea echipamentelor de pescuit, a efortului de pescuit sau a oricărei alte măsuri care să fie determinată de starea resurselor;
b) măsuri de protejare și regenerare a resurselor acvatice vii, prin stabilirea capturii totale admisibile și a cotelor de pescuit, a perioadelor de prohibiție, a zonelor protejate și a zonelor de cruțare, precum și a măsurilor preventive;
c) măsuri de administrare a pescuitului, astfel încât să se obțină o mai bună raționalizare a efortului de pescuit;
d) reglementări privind pescuitul;
e) stabilirea sistemelor de monitorizare, control și de inspecție a activităților de pescuit;
f) finanțarea programelor pentru popularea de susținere și de cercetare-dezvoltare în domeniul exploatării resurselor acvatice vii;
g) măsuri de amenajare și refacere a zonelor de reproducere și creștere naturală.