CNCS are următoarele atribuții principale:
a) stabilește standarde, criterii și indicatori de calitate pentru cercetarea științifică;
b) auditează periodic, la solicitarea MCID sau din proprie inițiativă, cercetarea științifică din organizațiile de cercetare din România;
c) participă la elaborarea pachetelor de informații pentru competiții de proiecte de cercetare și ia parte la procesul de evaluare a proiectelor în condițiile stabilite în Regulamentul de organizare și funcționare;
d) prezintă anual conducerii MCID un raport privind cercetarea științifică în învățământul superior, precum și performanțele organizațiilor de cercetare;
e) sprijină MCID în îndeplinirea atribuțiilor de autoritate de stat pentru cercetare-dezvoltare, în coordonarea, finanțarea, monitorizarea și evaluarea activităților de cercetare științifică din România, în conformitate cu Strategia națională de cercetare, dezvoltare și inovare.