Principalele atribuții ale CNPLIAAM sunt următoarele:
a) elaborarea Strategiei naționale și a planurilor naționale pentru prevenirea și limitarea riscurilor legate de IAAM;
b) elaborarea criteriilor pentru autorizarea și acreditarea unităților sanitare și instituțiilor medico-sociale și de îngrijiri paliative din punctul de vedere al prevenirii IAAM;
c) definirea standardelor minime acceptabile pentru capacitatea laboratorului de microbiologie de a efectua diagnostic etiologic al IAAM și identificarea colonizărilor cu microorganisme cu risc epidemiologic major;
d) stabilirea indicatorilor de performanță a activității unităților sanitare/managerilor și șefilor de secție privind prevenirea și controlul IAAM;
e) coordonează și este responsabil de elaborarea, actualizarea și diseminarea ghidurilor naționale de diagnostic, prevenire și tratament al principalelor IAAM către fiecare unitate sanitară, drept suport pentru elaborarea propriilor protocoale de diagnostic, profilaxie și tratament;
f) poate propune instituirea unor noi sisteme naționale de supraveghere clinică și/sau de laborator pentru infecții/colonizări cu microorganisme de importanță epidemiologică.