CNFIS are următoarele atribuții principale:
a) propune metodologia de finanțare a instituțiilor de învățământ superior și stabilește anual costul mediu per student echivalent pe cicluri și domenii de studii, inclusiv pentru învățământul superior dual;
b) verifică periodic realizarea proiectelor de dezvoltare instituțională și eficiența gestionării fondurilor publice de către instituțiile de învățământ superior;
c) propune Ministerului Educației măsuri pentru finanțarea complementară a instituțiilor de învățământ superior, pe bază de proiecte instituționale;
d) prezintă anual Ministerului Educației un raport privind starea finanțării învățământului superior și măsurile de optimizare ce se impun. Acest raport este public;
e) îndeplinește orice alte atribuții pentru sprijinirea activității Ministerului Educației în domeniul său de competență.