CNFIS are următoarele atribuții principale:

a) propune metodologia de finanțare a instituțiilor de învățământ superior și stabilește anual costul mediu per student echivalent pe cicluri și domenii de studii, inclusiv pentru învățământul superior dual;

b) verifică periodic realizarea proiectelor de dezvoltare instituțională și eficiența gestionării fondurilor publice de către instituțiile de învățământ superior;

c) propune Ministerului Educației măsuri pentru finanțarea complementară a instituțiilor de învățământ superior, pe bază de proiecte instituționale;

d) prezintă anual Ministerului Educației un raport privind starea finanțării învățământului superior și măsurile de optimizare ce se impun. Acest raport este public;

e) îndeplinește orice alte atribuții pentru sprijinirea activității Ministerului Educației în domeniul său de competență.