Fondurile aferente Mecanismului financiar SEE se alocă conform prevederilor addendumului la Protocolul 38a al Acordului Spațiului Economic European și se utilizează în baza prevederilor Regulilor și procedurilor, cu modificările și completările ulterioare, precum și a prevederilor Ordinului ministrului economiei și finanțelor nr. 2.363/2007 .