În cazul în care o întreprindere se împarte în două sau mai multe întreprinderi separate, ajutoarele de minimis acordate înainte de separare se alocă întreprinderii care a beneficiat de acestea, și anume, în principiu, întreprinderii care preia activitățile pentru care au fost utilizate ajutoarele de minimis. În cazul în care o astfel de alocare nu este posibilă, ajutoarele de minimis se alocă proporțional pe baza valorii contabile a capitalului social al noilor întreprinderi la data la care separarea produce efecte.