Proiectele în derulare prin Unitatea de implementare a programelor PHARE din cadrul Ministerului Agriculturii și Dezvoltării Rurale, care au ca beneficiar Autoritatea, vor fi derulate în continuare prin intermediul structurilor specializate ale Ministerului Agriculturii și Dezvoltării Rurale și cofinanțate din bugetul Ministerului Agriculturii și Dezvoltării Rurale până la finalizarea lor.