Patrimoniul inițial al CENAFER se constituie prin preluarea activului și pasivului Centrului de Perfecționare și Calificare a Personalului CFR București și a centrelor de calificare din structurile regionale ale Companiei Naționale de Căi Ferate «C.F.R.» - S.A., conform datelor din ultimul bilanț contabil al acesteia, încheiat până la data preluării.