Agenția Națională pentru Mediu și Arii Protejate are următoarele atribuții principale:
a) asigură implementarea la nivel național a politicilor, strategiilor și legislației din domeniul protecției mediului și a ariilor naturale protejate;
b) conduce procedura de reglementare în calitate de autoritate competentă și emite, după caz, acte de reglementare, în condițiile legii;
c) întocmește Raportul anual privind starea mediului;
d) asigură funcționarea laboratoarelor naționale de referință pentru calitatea aerului, radioactivitatea mediului, zgomotului ambiant și deșeurilor;
e) propune strategii și programe în domeniul ariilor naturale protejate, al speciilor de floră și faună protejate;
f) administrează conturile naționale din Registrul Uniunii Europene al emisiilor de gaze cu efect de seră;
g) administrează sistemul național pentru estimarea nivelului emisiilor antropice de gaze cu efect de seră rezultate din surse sau din reținerea prin sechestrare a dioxidului de carbon, reglementate prin Protocolul de la Kyoto la Convenția-cadru a Națiunilor Unite asupra schimbărilor climatice, adoptat la 11 decembrie 1997, ratificat prin Legea nr. 3/2001 ;
h) administrează ariile naturale protejate;
i) elaborează și aprobă măsurile de conservare și regulamentele ariilor naturale protejate, cu excepția parcurilor naturale și parcurilor naționale;
j) verifică și aprobă planurile de management ale ariilor naturale protejate, cu excepția parcurilor naturale și parcurilor naționale;
k) verifică și avizează măsurile de conservare și regulamentele parcurilor naturale și parcurilor naționale, pe care le înaintează, conform prevederilor legale, la autoritatea publică centrală pentru protecția mediului, apelor și pădurilor, în vederea aprobării;
l) coordonează și verifică implementarea, de către structurile de administrare, a planurilor de management și activităților aferente ariilor naturale protejate, asigurând monitorizarea specifică a capitalului natural, printr-un sistem unitar, informatizat de gestionare și actualizare a bazei de date electronice;
m) stabilește și pune în practică criterii de performanță pentru evaluarea administratorilor ariilor naturale protejate;
n) asigură suportul tehnic necesar pentru fundamentarea actelor normative, a strategiilor și politicilor privind mediul și ariile naturale protejate, precum și armonizarea cu acquis-ul comunitar, convențiile, acordurile și tratatele la care România este parte;
o) contractează servicii de consultanță, asistență tehnică, studii de cercetare-dezvoltare, în condițiile legii, în vederea obținerii documentelor pentru colectarea, prelucrarea și crearea de mecanisme și instrumente în vederea întocmirii rapoartelor către Comisia Europeană, Agenția Europeană de Mediu și Secretariatele Convențiilor internaționale din domeniul protecției mediului.