(1) Conducerea Agenției este asigurată de un președinte, cu rang de secretar de stat, numit și eliberat din funcție prin decizie a prim-ministrului.
(2) Președintele este ajutat în activitatea sa de un vicepreședinte, cu rang de subsecretar de stat, numit și eliberat din funcție prin decizie a prim-ministrului.
(3) Agenția are un secretar general, înalt funcționar public, numit în conformitate cu prevederile Ordonanței de urgență a Guvernului nr. 57/2019 privind Codul administrativ , cu modificările și completările ulterioare.
(4) Președintele Agenției îndeplinește funcția de ordonator terțiar de credite.