După aprobarea deschiderii creditelor bugetare de către Ministerul Finanțelor Publice, din bugetul Ministerului Agriculturii, Pădurilor și Dezvoltării Rurale se alimentează contul Agenției, care virează sumele în conturile solicitanților astfel: pentru persoane juridice la trezorerii, iar pentru persoane fizice, în contul deschis de acestea la băncile comerciale sau la Casa de Economii și Consemnațiuni - S.A.