(1) Agenția are un secretar general, înalt funcționar public, numit în condițiile legii.
(2) Secretarul general al Agenției îndeplinește atribuțiile prevăzute la art. 49 alin. (1) și (2) din Legea nr. 90/2001 privind organizarea și funcționarea Guvernului României și a ministerelor, cu modificările și completările ulterioare.
(3) Secretarul general al Agenției poate îndeplini și alte însărcinări prevăzute de regulamentul de organizare și funcționare al Agenției ori încredințate de președinte.