În funcție de diversitatea și complexitatea măsurilor incluse în Programul național de dezvoltare rurală pentru perioada 2014-2020, respectiv a celor incluse în PS 2023-2027, Agenția va putea delega atribuții unor terțe instituții competente în baza unor acorduri interinstituționale, în concordanță cu Regulamentul (UE) nr. 1.306/2013 al Parlamentului European și al Consiliului din 17 decembrie 2013 privind finanțarea, gestionarea și monitorizarea politicii agricole comune și de abrogare a Regulamentelor (CEE) nr. 352/78, (CE) nr. 165/94, (CE) nr. 2.799/98, (CE) nr. 814/2000, (CE) nr. 1.290/2005 și (CE) nr. 485/2008 ale Consiliului, cu modificările și completările ulterioare, respectiv în concordanță cu Regulamentul (UE) nr. 2.116/2021 al Parlamentului European și al Consiliului din 2 decembrie 2021 privind finanțarea, gestionarea și monitorizarea politicii agricole comune și de abrogare a Regulamentului (UE) nr. 1.306/2013, cu modificările și completările ulterioare.