Departamentul are următoarele atribuții principale:
a) asigură coordonarea luptei antifraudă și protejarea efectivă și echivalentă a intereselor financiare ale Uniunii Europene în România;
b) efectuează controlul obținerii, derulării și utilizării fondurilor provenite din asistența financiară acordată României de Uniunea Europeană, precum și a fondurilor de cofinanțare aferente, în vederea identificării de nereguli, având și calitatea de organ de constatare, în sensul art. 214 din Codul de procedură penală , în privința fraudelor ce afectează interesele financiare ale Uniunii Europene în România;
b¹) efectuează acțiuni de control în vederea descoperirii fraudelor ce aduc atingere intereselor financiare ale Uniunii Europene în România, prin diminuarea ilegală a resurselor proprii înscrise în bugetul general al Uniunii Europene, având calitatea de organ de constatare, în sensul art. 214 din Codul de procedură penală ;
c) asigură și facilitează cooperarea dintre instituțiile naționale implicate în protecția intereselor financiare ale Uniunii Europene în România, precum și între acestea și Oficiul European de Luptă Antifraudă și autoritățile publice relevante din celelalte state membre ale Uniunii Europene;
d) inițiază și avizează proiecte de acte normative privind protecția intereselor financiare ale Uniunii Europene în România;
e) culege, analizează și prelucrează datele în scopul realizării analizelor relevante în domeniul protecției intereselor financiare ale Uniunii Europene în România;
f) elaborează și coordonează programe de perfecționare, stagii de pregătire și instruire în domeniul luptei antifraudă;
g) îndeplinește orice alte atribuții stabilite prin acte normative sau prin decizii ale primului-ministru.