Structura organizatorică a C.N.I.R. va asigura următoarele funcțiuni la nivel central și regional, astfel:

1. la nivel central:

a) funcțiuni de bază: monitorizare și implementare proiecte, dezvoltare proiecte, proiectare, achiziții publice, concesiuni, precum și alte funcțiuni necesare desfășurării activităților de bază;

b) funcțiuni-suport: economică, juridică, resurse umane, administrativ, sănătate și securitate în muncă, IT, informații clasificate, registratură/secretariat, secretariat AGA/CA, consilieri, structuri de control și alte funcții conexe;

2. la nivel regional:

a) funcțiuni de bază: monitorizare și implementare proiecte, dezvoltare proiecte, proiectare, achiziții publice;

b) funcțiuni-suport: administrative, resurse umane, financiar contabil, juridic, IT, registratură, precum și alte funcțiuni necesare desfășurării activităților de bază.