(1) Agenția are în subordine 42 de centre județene, cu personalitate juridică.
(2) Centrele județene sunt conduse de directori executivi, numiți prin decizie a directorului general, în conformitate cu legislația în vigoare.
(3) Directorii executivi ai centrelor județene au calitatea de ordonatori terțiari de credite, pentru fondurile de la bugetul de stat, cu excepția cheltuielilor prefinanțate și cofinanțate prin schemele de plată FEGA și schemele de plată FEADR.
(4) Structura organizatorică, numărul de centre locale pentru fiecare centru județean, regulamentul de organizare și funcționare, precum și statele de funcții ale centrelor județene se aprobă prin decizie a directorului general al Agenției, care stabilește și numărul de centre locale aferente centrelor județene.