Direcția audit intern asigură, conform legii, organizarea auditului public intern și execută auditarea tuturor activităților desfășurate în structurile centrale, structurile și forțele subordonate acestora din Ministerul Apărării Naționale, precum și în structurile aflate în coordonarea sau sub autoritatea acestuia, pentru îndeplinirea obiectivelor stabilite, inclusiv evaluarea sistemului de control intern managerial.