(1) Agenția este condusă de un președinte, cu rang de secretar de stat, ajutat de un vicepreședinte, cu rang de subsecretar de stat, numiți prin decizie a primului-ministru.
(2) Președintele conduce întreaga activitate a Agenției și o reprezintă în raporturile cu ministerele, cu alte autorități ale administrației publice, cu organizații, precum și în raporturile cu persoane fizice și juridice, române sau străine.
(3) În exercitarea atribuțiilor sale președintele emite ordine și instrucțiuni.
(4) Președintele îndeplinește, conform legii, funcția de ordonator principal de credite.