(1) Agenția are un secretar general, care este funcționar public de cariera, numit pe bază de concurs sau examen, pe criterii de profesionalism.
(2) Secretarul general îndeplinește atribuțiile prevăzute la art. 49 alin. (2) din Legea nr. 90/2001 privind organizarea și funcționarea Guvernului României și a ministerelor.
(3) Secretarul general al Agenției poate îndeplini și alte însărcinări prevăzute de regulamentul de organizare și funcționare al acesteia ori încredințate de președinte.