Activitatea desfășurată de Parchetul European în România este sprijinită în mod activ de către toate autoritățile naționale competente potrivit Regulamentului EPPO, în special de către organele de cercetare penală ale poliției judiciare din cadrul Ministerului Afacerilor Interne, Departamentul pentru lupta antifraudă, Agenția Națională de Administrare Fiscală, autoritățile de gestionare a fondurilor europene și alte instituții cu atribuții în protecția intereselor financiare ale Uniunii Europene în România, Ministerul Justiției și Ministerul Finanțelor.