(1) Conducerea Agenției este asigurată de un director general numit prin ordin al ministrului agriculturii și dezvoltării rurale, pe bază de examen sau concurs, în condițiile legii, care angajează și reprezintă Agenția în relațiile cu persoane fizice sau juridice, precum și în fața instanțelor judecătorești.
(2) În activitatea sa, directorul general este ajutat de 3 directori generali adjuncți, numiți prin decizia acestuia, pe bază de examen sau concurs, în condițiile legii: director general adjunct active fizice și plăți directe, director general adjunct infrastructură, leader și investiții nonagricole și director general adjunct plăți și administrativ, care îndeplinesc atribuțiile prevăzute în Regulamentul de organizare și funcționare al Agenției și în manualele de proceduri aprobate prin ordin al ministrului agriculturii și dezvoltării rurale.
(3) Prin excepție de la prevederile alin. (2) , persoana care ocupă postul de director general adjunct implementare tehnică din cadrul Agenției de Plăți pentru Dezvoltare Rurală și Pescuit se preia pe postul de director general adjunct active fizice și plăți directe, cu acordul ocupantului postului respectiv.
(4) Prin excepție de la prevederile alin. (2) , persoana care ocupă postul de director general adjunct plăți din cadrul Agenției de Plăți pentru Dezvoltare Rurală și Pescuit se preia pe postul de director general adjunct infrastructură, leader și investiții nonagricole, cu acordul ocupantului postului respectiv.
(5) Postul de director general adjunct plăți și administrativ vacant va fi ocupat prin examen sau concurs, în condițiile legii.