(1) Agenția are în structură 8 centre regionale pentru finanțarea investițiilor rurale, fără personalitate juridică, care au arondate județele constituite în regiunile de dezvoltare potrivit Legii nr. 315/2004 privind dezvoltarea regională în România, cu modificările și completările ulterioare, cu excepția Centrului Regional pentru Finanțarea Investițiilor Rurale 8 București-Ilfov care are arondate județele Ilfov, Călărași și Ialomița, precum și municipiul București.
(2) Centrele regionale pentru finanțarea investițiilor rurale sunt conduse de către un director general adjunct și de către un director numiți prin decizia directorului general al Agenției pe bază de examen sau concurs, în condițiile legii.
(3) Directorii generali adjuncți ai centrelor regionale pentru finanțarea investițiilor rurale se subordonează directorului general al Agenției.
(4) Directorii centrelor regionale pentru finanțarea investițiilor rurale se subordonează directorilor generali adjuncți ai centrelor regionale respective.
(5) La nivelul fiecărui județ, cu excepția județului Ilfov, se înființează și funcționează un oficiu județean pentru finanțarea investițiilor rurale, fără personalitate juridică, aflat în coordonarea centrului regional pentru finanțarea investițiilor rurale. Fiecare oficiu județean este condus de un director numit prin decizia directorului general al Agenției pe bază de examen sau concurs, în condițiile legii.
(6) Oficiul pentru Finanțarea Investițiilor Rurale București preia atribuțiile și întreg personalul Oficiului Județean de Plăți pentru Dezvoltare și Pescuit Ilfov.
(7) Directorii oficiilor județene pentru finanțarea investițiilor rurale se subordonează directorului general adjunct al centrului regional pentru finanțarea investițiilor rurale de care aparține oficiul județean.
(8) Prin excepție de la prevederile alin. (2) , directorii generali adjuncți și directorii centrelor regionale, precum și directorii oficiilor județene ai Agenției de Plăți pentru Dezvoltare Rurală și Pescuit se preiau în structura Agenției în cadrul acelorași funcții, fără examen sau concurs, cu contract individual de muncă pe perioadă nedeterminată, în condițiile legii.
(9) Prin excepție de la prevederile alin. (5) , persoanele care ocupă posturile de directori adjuncți ai oficiilor județene de plăți pentru dezvoltare rurală și pescuit se preiau pe posturile de șefi Serviciu active fizice și plăți directe din cadrul oficiilor județene pentru finanțarea investițiilor rurale, cu acordul ocupanților posturilor respective, în condițiile legii.