În vederea desemnării, zonele prioritare pentru biodiversitate se propun în baza Metodologiei de identificare a zonelor prioritare pentru biodiversitate, care se aprobă prin ordin al conducătorului autorității publice centrale pentru protecția mediului, cu avizul Academiei Române - Comisia pentru Ocrotirea Monumentelor Naturii și al autorității publice centrale în domeniul agriculturii pentru prevederile din metodologie care fac referire la pajiști permanente. Propunerile pentru stabilirea zonelor prioritare pentru biodiversitate se fac la inițiativa autorității publice centrale pentru protecția mediului sau a oricărei persoane fizice sau juridice.